第二季的故事发生在政府公开“亚人”存在并修改宪法之后。表面上，亚人被赋予了“市民”身份，实则被强制植入定位芯片，并需定期前往医疗机构“捐献”可再生器官，实则是在清醒状态下被活体解剖。永井圭在上一季被捕获后，成为了“无限再生”的研究样本。他在一次次被肢解再生的痛苦中，精神几近崩溃，但他体内沉寂的黑色幽灵（IBM）也因极度的痛苦而进化出了全新形态。在恐怖分子佐藤的远程协助下，永井圭逃出了实验室，但他发现自己的妹妹已成为政府的人质。这一次，他必须主动利用自己的不死之身，成为一名比佐藤更可怕的“恐怖分子”。
比起第一季的悬疑和逃亡，第二季彻底走向了黑暗的政治惊悚和哲学思辨。对“永生”的剥削进行了最直观、最令人不适的影像化呈现。主角的每一次死亡都触目惊心，而他的每一次再生都是一种对体制的反抗。动作场面全面升级，IBM的运用更具战术性。本季无愧于近年来最强科幻动画的称号。
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